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FAT
File Allocation Table es un sistema de archivo principal para varios sistemas operativos, la mayoría DOS, incluyendo DR-DOS, OpenDOS, freeDOS, MS-DOS, Microsoft Windows (incluyendo Windows Me). FAT también es utilizado para dispositivos extraíbles y tarjetas de memoria.

El sistema de archivos es un método para el almacenamiento y la organización de los archivos del sistema y los datos que contienen para facilitar el acceso a los mismos. El cuadro a continuación muestra en qué sistema FAT su dispositivo USB flash drive o tarjeta de memoria debería estar formateada.

NTFS
NTFS es un sistema de archivos estándar para Windows NT, incluyendo las últimas versiones Windows 2000, Windows XP, Windows Vista, Windows Server 2003 y Windows Server 2008, Windows 7 y Windows 8. NTFS está destinado para su uso en las unidades del sistema de Windows (discos duros y unidades de estado sólido).

NTFS tiene varias mejoras sobre FAT como soporte mejorado para los metadatos y el uso de estructuras de datos avanzadas para la confiabilidad, y la utilización del espacio en disco, además de las extensiones adicionales como listas de control de acceso de seguridad y el diario del sistema de archivos.

Notas para Flash Drives:
- Formatear el flash drive en NTFS no permitirá la escritura en el dispositivo en Mac. La mayoría de los ordenadores Mac pueden leer NTFS, pero no escribir.
- NTFS es un sistema de archivos de registro por diario, esto crea más actividades de lectura/escritura. Por lo tanto, puede disminuir la vida de su dispositivo USB flash drive.
- Una vez que el dispositivo es formateado en NTFS, Ud. DEBE utilizar "Remover de Modo Seguro" para quitar el dispositivo de su PC.